中華民國政府審計制度創始於民國元年，初設審計處於中央政府，隸屬國務總理；民國17年成立審計院，直隸國民政府；民國20年改為審計部，隸屬於監察院；民國36年憲法頒行，明定審計權為監察權之一。憲法第104條規定監察院設審計長，由總統提名，經立法院同意任命之。憲法第105條規定審計長應於行政院提出決算後3個月內，依法完成其審核，並提出審核報告於立法院。

我國政府審計機關之組織採一條鞭制，由中央直貫地方，中央政府及其所屬機關財務之審計，由審計部辦理；直轄市政府及其所屬機關財務之審計，由審計部分設審計處辦理；縣(市)政府及其所屬機關與鄉(鎮、市)公所財務之審計，由審計部酌設縣(市)審計室辦理。審計機關主要任務為審核財務收支，審定決算，考核財務效能，核定財務責任及稽察財務上違法失職之行為。

審計機關使命為「善盡審計職責，發揮監察功能」；願景為「實踐優質審計服務，創造最大審計價值提升政府施政績效，促進政府廉能政治」；核心價值為「獨立(Independence)、廉正(Integrity)、專業(Professionalism)、創新(Innovation)」。